Le microbiote intestinal
- 12/07/2023
A l’heure où on ne compte plus le nombre de publications et d’articles scientifiques qui traitent du microbiote, où on a l’impression que l’on découvre l’importance du ventre, où les gens consomment de plus en plus de probiotiques, il m’a apparu important de présenter ce fameux microbiote. En effet, je me suis rendu compte que de nombreuses personnes parlent de leur microbiote comme d’un vieil ami mais, bien souvent, ne connaissent pas vraiment de quoi il s’agit.
Le microbiote, késako ?
La flore, encore appelée microbiote constitue l’ensemble des micro-organismes, non pathogènes, dits commensaux qui sont présents chez un hôte qui peut être un animal, un végétal ou une matière qui peut être d’origine animale ou végétale.
Cela sous-entend que notre organisme est composé de plusieurs microbiote : cutané, vaginal, respiratoire, buccal et intestinal, qui est de loin le plus important.
La notion de microbiote a été longtemps ignoré. Aujourd’hui, il est considéré comme un organe à part entière, et je pense n’a pas fini de nous étonner.
La mise au point des techniques de séquençage du génome bactérien a permis de confirmer les relations « hôte-microbiote » et leurs implications en matière de santé.
Caractéristiques du microbiote
Le microbiote se caractérise par sa diversité et les conséquences qui en découlent.
Sa diversité
Les principaux micro-organismes qui composent le microbiote intestinal sont des bactéries mais on trouve également des virus, des parasites et des champignons. Le microbiote est présent tout au long du tube digestif mais se concentre surtout au niveau de l’intestin grêle et du côlon. Au total, une personne abrite dans ses intestins près de 1014 micro-organismes soit 10 fois plus que le nombre de cellules de notre corps pour un poids de 2 kg et au moins 500 000 à 1 000 000 de gènes alors que l’organisme humain n’en contient que 30 000.
Sa composition
Le microbiote est propre à chaque personne autant sur un plan quantitatif que sur un plan qualitatif. Parmi tout ce petit monde, les bactéries prédominent. On estime que chez chaque individu, on retrouve près de 400 espèces bactériennes différentes de type anaérobies strictes ou anaérobies facultatives.
Certaines espèces dominantes, qui sont présentes chez la majorité des individus, restent stables et permettent d’effectuer les fonctions essentielles du microbiote. Elles sont associées à des populations minoritaires qui sont propres à chacun de nous.
Ces bactéries dominantes peuvent être réparties en 4 grandes familles que l’on appelle encore des phyla : firmicutes, bactéroïdes, actinobacteria et proteobactéria. Chaque phylum contient des genres, eux-mêmes divisé en espèces, puis en types, en sous-genre, en souches, etc …
Il est clair que chaque individu possède son propre microbiote, c’est son « empreinte intestinale » tout comme il existe une empreinte digitale. L’équilibre du microbiote dépend de nombreux facteurs. Un déséquilibre du microbiote entraîne une dysbiose.
Facteurs qui modulent le microbiote
Les facteurs modulant le microbiote ne sont pas tous connus. Néanmoins, on peut noter :
Nos modalités de naissance
Le nouveau-né possède environ une centaine de bactérie en arrivant au monde. Puis, le microbiote se développe progressivement dès la naissance au contact de la flore vaginale maternelle après un accouchement par voie basse ou au contact des micro-organismes de l’environnement pour ceux nés par césarienne.
Quelque soit le mode d’accouchement, la colonisation bactérienne a lieu de façon progressive et dans un ordre très précis : les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier. On parle de bactéries aérobies comme par exemple les staphylocoques, …
En consommant l’oxygène présent dans l’intestin elles favorisent ensuite l’implantation des bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence de ce gaz. On parle bactéries anaérobies comme par exemple bactéroïdes, clostridium, bifidobactérium, …
La flore anaérobie s’implante beaucoup tardivement pour les enfants nés par césarienne.
De plus, dans les pays industrialisés, les conditions strictes d’hygiène lors de l’accouchement réduisent l’exposition du nouveau-né aux flores vaginales et environnementales.
Chez les prématurés, il a été observé un retard de colonisation par rapport aux bébés nés à terme ainsi qu’une colonisation par un nombre réduit d’espèces bactériennes. On peut expliquer en partie le retard d’ensemencement par le fait que ces enfants naissent fréquemment par césarienne, sont rapidement séparés de leur mère et sont placés dans un univers très aseptisé auquel peut être associé une antibiothérapie.
Pendant notre enfance
Le mode d’alimentation de l’enfant est primordial car le lait maternel contient tous les nutriments essentiels, les cellules immunitaires et les composants bioactifs qui confèrent au lait maternel des effets anti-inflammatoires, anti-infectieux et probiotiques ce qui est essentiel à une bonne santé intestinale notamment au niveau immunitaire.
L’antibiothérapie pendant les deux premières années de la vie est également un autre facteur qui va influencer la composition du microbiote auquel on peut ajouter les infections propres à la petite enfance.
A l’âge l’adulte
Une alimentation adaptée, comportant des protéines, un bon statut en acides gras, riche en végétaux, polyphénols et en fibres va respecter le microbiote.
En revanche, l’alimentation moderne va grandement compromettre l’équilibre du microbiote notamment si elle est riche en produits industriels, transformés, riches en graisses saturées et produits raffinés. A cela on peut associer le mode de vie des individus : tabac, alcool, dette de sommeil, stress chronique, sédentarité, …
Par exemple, il suffit de quelques jours pour qu’un simple régime alimentaire modifie le microbiote autant sur le plan quantitatif que sur sa fonctionnalité, les métabolites sécrétés…
Elle provoquera une augmentation des bactéroïdes, la diminution des firmicutes, deux mécanismes associés à des désordres métaboliques comme l’adiposité viscérale, un » foie gras » voire une dysbiose avec une perméabilité intestinale
Rôle du microbiote
Il est impliqué dans la physiologie intestinale
Notre intestin qui héberge la majeure partie du microbiote a longtemps été considéré comme un simple conduit jouant un rôle dans l’absorption de l’eau, des nutriments et destiné à l’élimination.
Pourtant, Gustave Flaubert disait déjà : « Toutes les affections proviennent des vers. Ils gâtent les dents, creusent les poumons, dilatent le foie, ravagent les intestins, et y causent des bruits. »
Or, l’intestin est tout sauf un simple tuyau. Il joue un rôle de barrière en symbiose avec les bactéries impliquées dans la synthèse de mucus. Il est très actif au niveau métabolique.
L’épithélium intestinal se renouvelle tous les trois jours environ.
Il cohabite avec le système immunitaire
Il abrite environ 70% de nos cellules immunitaires ce qui explique le lien entre nos maladies et notre intestin. Quand l’un est patraque, l’autre l’est aussi !
C’est notre deuxième cerveau
Il contient un système nerveux spécifique, d’environ 100 millions de neurones, qui est en constante connexion avec notre système nerveux central via différentes voies de communication : nerveuses, sanguines et lymphatiques.
Le microbiote est fortement impliqué dans les différentes informations transmises via les métabolites bactériens, les résidus bactériens (lipopolysaccharides), les cytokines et les peptides intestinaux.
La synthèse des acides gras à chaîne courte
Le microbiote synthétise des acides gras à chaîne courte. Les acides gras à chaîne courte sont des métabolites produits par certaines bactéries du microbiote intestinal dans le côlon. Ce sont principalement le butyrate, le propionate et l’acétate. Ils sont issus de la fermentation de glucides complexes, les fibres alimentaires, n’ayant pu être digérées ni assimilées. Ils sont considérés comme des prébiotiques.
Microbiote et tryptophane
Le tryptophane est un acide aminé. Il joue un rôle important dans l’organisme humain et sert de précurseur pour de composés bioactifs, y compris les neurotransmetteurs comme la sérotonine, une hormone souvent appelée « hormone du bonheur » et impliquée dans l’induction du sommeil.
De nombreuses études rapportent des taux de tryptophane déficitaires dans l’autisme. En effet, il se trouve que dans certaines conditions, ce tryptophane est utilisé par les bactéries intestinales pour fabriquer des métabolites neuro-toxiques délétères pour le système nerveux notamment au niveau neuronal.
Rôle de détoxifiant
Un microbiote en bonne santé est en capacité d’éliminer les toxines et les bactéries pathogènes qui oserait s’aventurer. Il participe à l’homéostasie de l’organisme.
Microbiote, stress et émotions
En période de stress chronique, l’organisme libère du cortisol qui va avoir un impact très négatif sur l’organisme et notamment au niveau intestinal. Il va modifier la composition et les fonctions du microbiote source de dysbiose, d’hyperperméabilité intestinale et autres perturbations métaboliques et de nombreux dysfonctionnements immunitaires, comportementaux et dégénératifs.
L’altération du microbiote est très présente chez les personnes neuro-atypiques qu’elles soient Haut Potentiel ou porteuses d’un trouble du neurodéveloppement, chacune pour des raisons différentes en fonctions des spécificités.
Les prébiotiques
Nous ne possédons pas les enzymes nécessaires pour digérer les fibres, appelées encore sucres complexes.
En revanche, le microbiote se régale avec ces fibres. C’est ainsi qu’une alimentation riche en fibres est conseillée pour favoriser la croissance et la survie de nos chères bactéries
Concrètement, ces fibres vont arriver, dans le côlon, non digérées, seront fermentées puis synthétisées en acides gras à chaîne courte par les bactéries.
Où trouver ces fibres dans notre alimentation ?
Dans les fruits, légumes et légumineuses comme les asperges, les bananes, l’ail, les oignons, les poireaux, les artichauts, le blé, le seigle, l’ail ou encore les oignons, les pommes, des oranges, des carottes, les haricots, du riz, les pâtes complètes, les pommes de terre, les légumineuse, les céréales
Leur quantité et leur abondance peuvent être considérées comme des biomarqueurs d’un état de santé. En effet, une production faible peut être associée à de nombreux désordres tels que la résistance à l’insuline, le diabète ou encore l’obésité.
Conclusion
Il paraît difficile de vivre sans bactérie. Nous leur offrons un gîte et un couvert en échange de quoi elles nous protègent. Nous nous devons de tout mettre en œuvre pour que l’accueil soit le meilleur possible afin de préserver cet équilibre ce qui contribuera à maintenir notre santé intestinale, somatique et psychique.
Sources :
- Intestinal Short Chain Fatty Acids and their Link with Diet and Human Health.
Ríos-Covián D, Ruas-Madiedo P, Margolles A, Gueimonde M, de Los Reyes-Gavilán CG, Salazar N.Front Microbiol. 2016 Feb 17;7:185. doi: 10.3389/fmicb.2016.00185. eCollection 2016. PMID: 26925050 - The Protective Role of Butyrate against Obesity and Obesity-Related Diseases.
Coppola S, Avagliano C, Calignano A, Berni Canani R.Molecules. 2021 Jan 28;26(3):682. doi: 10.3390/molecules26030682. PMID: 33525625 - Gut microbiota and digestion of polysaccharides.
El Kaoutari A, Armougom F, Raoult D, Henrissat B.Med Sci (Paris). 2014 Mar;30(3):259-65. doi: 10.1051/medsci/20143003013. Epub 2014 Mar 31. PMID: 24685216
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